Es gab anfangs zwei Orgeln in Vierzehnheiligen, eine bei der Sakristei, die andere, größere, auf der Westempore. Ob die kleine Orgel später in die größere eingearbeitet, oder aufgrund der Säkularisation verkauft wurde, ist bis heute unklar. Diese Orgel wurde jedoch bei dem Kirchenbrand am Kunigundentag 1835 völlig zerstört.
Nach den umfangreichen Erneuerungen nach dem Brand 1848 errichtete August Bittner aus Nürnberg ein neues Orgelwerk – ebenfalls auf der Westempore, es umfasste damals 39 Register auf zwei Manualen und Pedal.
1870 wurde der Orgelbauer Ludwig Weineck aus Bayreuth fur einen großen Umbau beauftragt, der aber kein zufriedenstellendes Resultat erbrachte. Deshalb führte 1905 die Firma Steinmeyer aus Öttingen nach langem Hin und Her einen technischen Neubau (Röhrenpneumatik) durch und erweiterte die Orgel auf drei Manuale und 42 Register.
Bei einem weiteren Umbau 1951 entfernte Steinmeyer die Röhrenpneumatik wieder und stellte auf elektrische Ton- und Registersteuerung um. Die Register wurden aufgehellt und auf 60 Stimmen erweitert. 1962 entschlossen sich die Verantwortlichen der Basilika, den zweigeschossigen Mittelbau des Prospektes auf ein Geschoss zu erniedrigen, weil der obere Prospektteil das dahinterliegende Fenster verdeckte. Dieser Teil mit der Uhr wurde tiefergesetzt und der untere Teil entfernt. Der ursprüngliche Prospekt von Bittner ist auf dem Bild mit dem Gnadenaltar größtenteils zu erkennen.
Durch den Staub, den die 1993 abgeschlossene Kirchensanierung verursacht hatte, wurde der Orgel erheblicher klanglicher Schaden zugefügt. Nach einer jahrzehntelangen Diskussion stand endlich der genaue Plan fest, die Orgelbauerei Rieger stellte eine neue Orgel mit 68 klingenden Registern her. 1998 verabschiedete Basilikaorganist Georg Hagel die alte, inzwischen nur noch teilwese bespielbare Bittner-Steinmeyer-Orgel mit einem letzten Konzert. Töne fielen aus, das Instrument war total verstimmt und das Material in einem extrem schlechten Zustand, als schon am Tag darauf mit dem Abbau begonnen wurde. Die alte Orgel steht nun im Orgelmuseum Schloss Valley (bei Holzkirchen)- ohne Gehäuse. Dieses musste laut Denkmalschutz erhalten bleiben, obwohl es nicht hundertprizentig zur Rokoko-Archtektur passt. Bis zur Fertigstellung 1999 wurden unter anderem zwei Stahlträger quer über die Empore gelegt und an den zwei Türmen befestigt, damit das über 20 Tonnen schwere Instrument die Stabilität der Empore nicht gefährdet. Man kann von Glück reden, dass die Empore unter dem Gewicht der alten Orgel nicht zusammengebrochen ist.
(Auszug aus Wikipedia)
